openSUSE:Medical packaging bio
生物学软件包用于微生物学
此元软件包将安装与分子生物学、结构生物学和生物信息学相关的 openSUSE 软件包，用于在生命科学中使用。
| 软件包名称（链接指向完整描述） | 描述 |
|---|---|
| Acedb-other | 此软件包收集了 acedb 在其 Makefile 的“other”目标下收集的所有小型应用程序。efetch：假定是“entry fetch”的缩写，从常见的 DNA 和蛋白质数据库收集序列信息。 |
| Acedb-other-belvu | 对于生物序列的分析，一个普遍的原则是对应相关蛋白质、RNA 或 DNA 之间的区域。将它们并排书写，对应的位置上下对齐，就准备好了比对。Belvu 最出名的是它完美地实现了多序列比对的斯德哥尔摩格式，因为上游正在维护该格式。例如，Pfam 和 Rfam 数据库就使用了它。 |
| Acedb-other-dotter | 对于生物序列的分析，一个普遍的原则是对应相关蛋白质、RNA 或 DNA 之间的区域。Dotter 以图形方式显示 DNA 或蛋白质序列与其自身或其他序列的相似性。 |
| Adun.app | Adun 是一种生物分子模拟器，它还具有数据管理和分析功能。Adun 由 UPF 的“计算生物物理和生物化学实验室”，即“生物医学信息学研究单位”开发。 |
| Alien-hunter | alien_hunter 应用程序使用插值变量阶数基序 (IVOM) 的实现预测可能的水平基因转移 (HGT)。IVOM 方法使用可变序列基序分布来利用互补趋势，并比固定排列方法更可靠地检测序列的局部组装。可以选择将预测转换为二阶隐马尔可夫模型 (HMM)，以优化预测区域边界的定位。预测（embl 格式）可以自动加载到基因组查看器 Artemis 中。它在 http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ 上免费提供。 描述“alien_hunter”算法的手稿可在 Bioinformatics 中找到：Interpolated variable order motifs for identification of horizontally acquired DNA: revisiting the Salmonella pathogenicity islands. Vernikos GS, Parkhill J Bioinformatics. 2006;. PMID: 16837528 |
| Altree | ALTree 专为基于系统发育的分析而设计。一方面，它能够发现基因与疾病之间的关系，另一方面，它能够提出关于易感性的假设。 |
| Amap-align | AMAP 是一个命令行工具，用于执行肽序列的多重比对。它使用“后验解码”，通过序列退火进行比对，而不是传统的渐进式比对方法。它是唯一允许控制灵敏度/准确性权衡的比对程序。该软件基于 ProbCons 的源代码，但使用度量比对准确性 (alignment metric accuracy) 并消除了一致性转换。 AMAP 2.2 的 Java 可视化工具尚未创建为 Debian 软件包。 |
| Autodock | AutoDock 是模拟相对较小的配体与相对较大的受体蛋白结合的程序的杰出代表。在以前的版本中，配体非常灵活，而蛋白质则非常僵硬。当前版本 4 将灵活性扩展到蛋白质表面的选定侧链，从而也考虑了旋转异构体。 AutoDock 在描述目标蛋白的网格选择中执行配体的结合。AutoGrid 预先计算这些网格。该软件包由以下软件包增强：autogrid |
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